ישיבת "זכרון יעקב" הינה מהישיבות הוותיקות ביותר לנוער המתמודד, הקיימת מזה למעלה מ-40 שנה. את המוסד הקים וייסד הגרש"מ יונגרמן זצ"ל, כמענה לצרכים של בני עליית הנוער ובני הפריפריה, כמקום חם ומכיל באווירה תורנית וישיבתית, ובחממה מיוחדת של בית חם ואוהב הדואג לכל מחסורם.
בשנת 2017 העתיקה הישיבה את מיקומה, מבניין שהיה משוייך לישיבה הגבוהה בזכרון יעקב, למבנה מפואר בשכונה הסמוכה 'רמת צבי', ששימש בעבר כפנימיה לבנות. המבנה החדש, מספק לתלמידים מענה הולם לצרכיהם, הן ברמת הגשמית והן ברמה הרוחנית.
בשנת 2018, וכחלק מתהליך התייעלות שעברה הישיבה, אוחדו המסגרות "הישיבה" ו"המתיבתא" למסגרת אחת, ועמותת 'שתילים" בראשות הרב ישראל רייסנר החלה לנהל את הישיבה. לעומת זאת, הפנימיה ממשיכה להתנהל על ידי "המרכז לחינוך תורני" ומהווה בית חם לעשרות התלמידים השוהים בין כותלי המקום.
בישיבה מתחנכים כ-80 תלמידים. רובם בתנאי פנימיה מלאים. התלמידים נהנים מרמת לימודים גבוהה, פגישות עם עובדים סוציאליים, פסיכולוגים ויועצים התנהגותיים, ובשעות אחה"צ משתתפים בחוגים ברמה גבוהה, חוגי הישרדות, חוגי מע"ר, יצירה, חשמל, אלקטרוניקה, חוג ג'אגלינג ועוד.
בשעות הערב, מתקבלים התלמידים במסגרת הפנימיה, שם הם זוכים לשעת מדריך, ולשלל פעילויות חברתיות. משחקי ספורט, חדר כושר, מועדונית משחקים, משחקי מחשב, חדרי יצירה, הקרנות, פעילויות חברתיות ואמנים שונים. הפנימיה מספקת לתלמידים את כלל צרכיהם. החדרים נוחים, מרווחים וממוזגים. בכל חדר קיים שירותים ומקלחון, במרכז הפנימייה פועל קיוסק בו התלמידים יכולים לרכוש חטיפים ושתיה במחירים סמליים. חדר הכביסה והגיהוץ פתוח בשעות הערב לרווחת התלמידים.
תקנון הישיבה אוסר על החזקת טלפונים ניידים וכן אמצעי שמע. כמו כן העישון אסור בתכלית. תלמידי הישיבה והפנימיה מחונכים למידות טובות ודרך ארץ, יחס של כבוד לחברים ודיבור מכובד האחד לרעהו.